Ostatnia nierozliczona sprawa w największej aferze w polskim futbolu dotyczyła sezonu 2003/2004, gdy Cracovia grała w drugiej lidze. Janusz Filipiak nie był jeszcze wówczas prezesem klubu (był współwłaścicielem), ale odgrywał już w nim znacząca rolę.
Drużyna zajęła wówczas trzecie miejsce, wygrała baraż z Górnikiem Polkowice (dwa zwycięstwa po 4:0) i po 20 latach wróciła do Ekstraklasy. Kiedy polską piłką wstrząsnął korupcyjny skandal, okazało się, że Cracovia jest w gronie zamieszanych klubów, a awans zawdzięcza działalności dwóch osób.
W ustawianiu meczów i przekazywaniu łapówek pośredniczyć miał Jacek P., były międzynarodowy sędzia i obserwator PZPN, właściciel firmy ochroniarskiej, która pracowała przy meczach w Krakowie.
Pomagać miał mu Rafał R., były członek rady nadzorczej Cracovii. Obaj nie przyznali się do winy, w styczniu zostali skazani nieprawomocnym wyrokiem. Pierwszy na dwa lata i osiem miesięcy pozbawienia wolności, drugi – na rok w zawieszeniu na trzy lata.
Według prokuratury Jacek P. złożył propozycje korupcyjne dotyczące 18 z 30 meczów Cracovii (Rafał R. pomagał mu przy dwóch). Nie wszystkie zakończyły się jej zwycięstwem. Dwa z nich zremisowała, dwa przegrała. Śledczym nie udało się ustalić, skąd pochodziły pieniądze na łapówki.
