Villar, który jest również wiceprezydentem FIFA i UEFA, to najgłośniejsze nazwisko wśród kilkunastu osób zatrzymanych przez służby prowadzące wielką operację antykorupcyjną wymierzoną we władze hiszpańskiego futbolu (RFEF). Jest oskarżony m.in. o fałszowanie dokumentów, niegospodarność i defraudację pieniędzy.
Zarzuty dotyczą m.in. przekrętów przy organizacji meczów towarzyskich reprezentacji Hiszpanii, która za blisko 30-letniej kadencji Villara zdobyła dwa tytuły mistrza Europy (2008, 2012) i wygrała mundial w RPA (2010). Villar miał promować niektórych rywali dla kadry, korzyści z umów odnosił podobno jego syn Gorka (także aresztowany), adwokat specjalizujący się w prawie sportowym.