Pod koniec września prokurator generalny Szwajcarii poinformował, że Blatter został objęty postępowaniem, mimo że wcześniej był poza podejrzeniami. W maju w Zurychu zatrzymano siedmiu prominentnych działaczy FIFA i postawiono im zarzuty korupcyjne, ale oficjalnie zapewniano wówczas, że śledztwo nie objęło prezydenta organizacji.
Sytuacja zmieniła się przed dwoma tygodniami, gdy dopatrzono się nieprawidłowości w sposobie zarządzania FIFA. Blatter jest podejrzany m.in. o podpisanie w 2005 roku niekorzystnego dla FIFA kontraktu z Karaibską Unią Piłkarską. Zarzuca mu się ponadto inne przypadki działania w sprzeczności z interesem organizacji, w tym te związane z prawami telewizyjnymi i marketingiem. Szwajcar miał również przekazać nielegalnie dwa miliony franków szwajcarskich (ok. 7,7 mln zł) obecnemu prezydentowi Europejskiej Unii Piłkarskiej Michelowi Platiniemu w okresie między styczniem 1999 a czerwcem 2002 roku.
Naciskany przez opinię publiczną i innych działaczy Szwajcar zapowiedział, że ustąpi ze stanowiska w lutym, gdy odbędą się wybory jego następcy. W czerwcu został wybrany na piątą kadencję, kilka dni po aresztowaniach w Zurychu.
Gdy okazało się, że Blatter został jednak objęty dochodzeniem, sponsorzy FIFA - Coca Cola i McDonald's - wydali jednocześnie oświadczenia, w których wezwali go do natychmiastowego ustąpienia. Wcześniej to samo zrobiła Visa. Prezydent odmówił.
Blatter kieruje organizacją nieprzerwanie od 1998 roku. Wcześniej przez 17 lat pełnił funkcję sekretarza generalnego.