W Bayernie witano go hucznie. Selekcjoner reprezentacji Niemiec, która na mundialu w 2006 roku zajęła trzecie miejsce, miał odbudować potęgę klubu z Monachium. Wytrzymał dziesięć miesięcy, zostawił drużynę na trzecim miejscu Bundesligi, zdążył już odpaść z Pucharu Niemiec i Ligi Mistrzów.
Kiedy przegrywał swoje ostatnie spotkanie z Schalke, kibice dali upust swojej frustracji. Mieli wypisane wielkie bilety lotnicze na jego nazwisko – prosto do USA, gdzie Klinsmann mieszka na stałe. Krzyczeli: „Juergen raus”, albo „Juergen go home” – żeby lepiej zrozumiał.
W Bayernie postawili na niego, bo chcieli zmian. Przedstawiał się jako trener z innej planety, który potrafił niemiecką kadrę przemienić z drużyny grającej siermiężny futbol, w artystów, którzy grają dla kibiców. Pięknie mówił, dobrze wyglądał i miał milion pomysłów na minutę.
Kursy gotowania
Sprowadził do Monachium speców od przygotowania fizycznego, oczywiście z Ameryki. Drużyna dostała też do dyspozycji kilku psychologów, ale później sprawy szły już w mało logicznym kierunku. W nowym ośrodku przygotowawczym, wybudowanym na życzenie Klinsmanna, pojawiły się figurki Buddy, żony piłkarzy zostały zmuszone do udziału w kursach gotowania, a w klubie pojawiali się znajomi trenera – fachowcy bez renomy, za to z chęcią do eksperymentowania.
Klinsmann był zaskoczony, że nie pozwolono mu dokończyć misji, zgodnie z sugestiami kibiców spakował się i wrócił do USA. W lipcu 2011 zgodził się zostać selekcjonerem reprezentacji tego kraju.