Ostatniej porażki w Lidze Mistrzów Heynckes doznał 13 marca 2013 roku, gdy prowadzony przez niego w tamtym czasie Bayern przegrał w meczu 1/8 finału LM z Arsenalem na własnym stadionie 0:2. Bawarczycy awansowali jednak dalej dzięki wygranej 3:1 w pierwszym meczu. Ostatecznie w sezonie 2012/2013 Bayern wygrał Ligę Mistrzów - po porażce z Arsenalem w 1/8 finału drużyna z Bawarii wygrała już wszystkie mecze do końca rozgrywek.
Po sezonie 2012/2013 Heynckes udał się na sportową emeryturę, a trenerem Bayernu został Josep Guardiola. Ani jemu, ani jego następcy - Carlo Ancelottiemu - nie udało się powtórzyć wyników Heynckesa w Lidze Mistrzów.