Mistrzowie Polski awans do 1/16 finału wywalczyli zajmując dziewiąte miejsce w fazie ligowej. Jagiellonia pokonała FC Kopenhaga (2:1), Petrocub (2:0), Molde (3:0), uległa Mlade Boleslav (0:1), zremisowała z Celje (3:3) i w czwartek w ostatnim meczu w tym roku Olimpiją Lublaną (0:0). Zwycięstwo ze Słoweńcami dawałoby klubowi z Podlasia bezpośredni awans do 1/8 finału.
Przed losowaniem w Nyonie wiadomo było, że rywalami Jagiellonii mogą być albo Molde FK, z którym grała jesienią, albo serbska Bačka Topola, niedawny rywal Legii w tych rozgrywkach. O przydziale miejsc decydowały miejsca zajęte w tabeli ligowej. Dziewiąta i dziesiąta drużyna trafiała na 23. i 24.