Wójcik był trenerem olimpijskiej reprezentacji w latach 1989-1992. Na igrzyskach w Barcelonie w 1992 roku dowodzona przez niego kadra zdobyła srebrny medal, przegrywając dopiero w finale z Hiszpanią. Był to ostatni występ polskich piłkarzy na igrzyskach.
Po Barcelonie Wójcik chciał „zmienić szyld" i objąć pierwszą reprezentację. Stanowisko trenera kadry objął jednak dopiero w 1997 roku, po kilku latach spędzonych w Legii oraz epizodach w krajach arabskich.
Janusz Wójcik był doradcą ministra sportu Jacka Dębskiego z AWS i premiera Leszka Millera z SLD. Był posłem na Sejm z ramienia Samoobrony w latach 2005-2007, był przewodniczącym Sejmowej Komisji Sportu i Kultury Fizycznej (2007).
Pamiętany będzie jednak nie tylko z uwagi na sukcesy czy dosadny język. W 2014 roku został skazany za przestępstwa korupcyjne – zarzucono mu „ustawianie" meczów Świtu Nowy Dwór Mazowiecki. Oprócz Świtu, po zwolnieniu z funkcji selekcjonera reprezentacji w 2000 roku, pracował także w Pogoni Szczecin, Śląsku Wrocław, cypryjskim Anorthosisie Famagusta, Zniczu Pruszków, Widzewie Łódź i ponownie w Zjednoczonych Emiratach Arabskich. W 2003 roku prowadził też reprezentację Syrii.
Jego największym sukcesem w piłce klubowej było zajęcie drugiego miejsca w ekstraklasie z drużyną Legii (1993, po odebraniu jej tytułu mistrzowskiego) oraz wprowadzenie do ekstraklasy Jagiellonii Białystok (1987).
