Jego zespół zwyciężył tylko w dwóch spotkaniach i w ostatnim meczu z Rubinem Kazań walczył z nożem na gardle, bo musiał wygrać. Mistrzów Rosji udało się pokonać 2:0. Wcześniej Inter okazał się lepszy jedynie od Dynama Kijów na wyjeździe. Do 86. minuty przegrywał 0:1, ale wtedy bezcennego gola strzelił Diego Milito, a chwilę później trzy punkty Interowi dał Wesley Sneijder.
Włoska prasa pisała wówczas, że Mourinho w ostatniej chwili uratował głowę spod topora, bo Massimo Morattiego w tym sezonie nie interesowało już kolejne mistrzostwo Włoch, lecz sukces w Europie. Inter w grupie trafił na wychwalaną pod niebiosa Barcelonę, z którą po meczu bez historii zremisował 0:0 u siebie, a na Camp Nou nie stać go było na podjęcie walki i przegrał 0:2.
Mediolan o pięknej wiośnie nie mógł więc nawet marzyć, jesień dała mu tylko strach, dobra w zima Serie A – tylko nadzieję.
Inter wygrał jednak Ligę Mistrzów, nie pozostawiając wątpliwości, że jest najlepszy. Najpierw pokonał Chelsea – byłą drużynę Jose Mourinho – o której mówiono, że jako jedyna jest w stanie zatrzymać wielką Barcelonę. Dwa zwycięstwa (2:1 i 1:0) nad zespołem, który sześć tygodni później zapewnił sobie mistrzostwo Anglii, dały ponoć Mourinho pewność, że Inter po 45 latach znowu będzie najlepszy w Europie.
W ćwierćfinałach bez emocji – dwa razy po 1:0 z CSKA Moskwa, półfinały to poskromienie Barcelony. Drugi mecz był rozpaczliwą obroną, ale pierwszy, wygrany 3:1, wystarczająco mocnym argumentem, by odrzucać zarzuty o antyfutbol.
