Mimo zapowiedzi, że interesuje go tylko praca z reprezentacją, Leo Beenhakker nie stał z boku podczas futbolowej wojny. W kwietniu, po kolejnych aresztowaniach osób zamieszanych w aferę, poparł Michała Listkiewicza.
Kiedy cała Polska żądała dymisji prezesa, Beenhakker stwierdził, że sukcesy reprezentacji to także zasługa kierownictwa PZPN. – Listkiewicz mnie zatrudnił i dał wolną rękę. To, że jesteśmy w tym miejscu, to zasługa prezesa i sekretarza generalnego Zdzisława Kręciny – mówił.
Beenhakker stał się zakładnikiem Listkiewicza. Holender zawsze bronił niezależności reprezentacji od PZPN, tak jak PZPN broni się przed ingerencją ministra. Nawet na mistrzostwach Europy działacze mieszkali w innym hotelu niż piłkarze. Beenhakker sam dobierał sobie współpracowników. Obronił nawet Jana de Zeeuwa, który po mistrzostwach miał pożegnać się z kadrą bezpowrotnie.
Wydawało się, że skoro prezesem nie może już być Listkiewicz, to Kręcina zapewni zachowanie dotychczasowych zasad współpracy. W Polsacie sekretarz generalny powiedział jednak, że reprezentacja nie może być osobnym tworem. – Musimy mieć kontrolę, z całym szacunkiem dla Beenhakkera – stwierdził.
Według Listkiewicza zwolnienie Beenhakkera byłoby strzałem w stopę. Zniechęcić Holendra do dalszej pracy w Polsce będzie jednak bardzo łatwo. Zwycięstwo Grzegorza Laty może oznaczać nawet, że selekcjoner sam poda się do dymisji. Wprawdzie dziś Lato mówi jedynie, że będzie wymagał przedstawienia słynnego już raportu o tym, dlaczego Polska słabo wypadła na Euro, ale wcześniej wypowiadał się dużo ostrzej: – Zrobiliście z Leo cudotwórcę, a on na razie tak naprawdę nic nie osiągnął. Paweł Janas przy Beenhakkerze to był gość! Na miejscu Listkiewicza, gdy Leo domaga się podwyżki, powiedziałbym mu wprost: „Tam są drzwi!”. Naprawdę damy sobie radę bez niego...