Pytany, dlaczego startuje jeszcze w maratonie, odpowiedział: "Wynik rywalizacji rodziny Zatopków wynosi 2-1. To dla mnie za mało. Pobiegnę w maratonie, by zyskać więcej prestiżu". Wtedy też wymyślono odpowiedź na pytanie, jakie państwo jest w lekkiej atletyce najsilniejsze na świecie - państwo Zatopkowie. Emil Zatopek nigdy wcześniej nie biegł w maratonie. Jeśli coś go martwiło, to nie wytrzymałość, lecz właściwa taktyka biegu. Postanowił trzymać się jednego z faworytów, Brytyjczyka Jima Petersa, który parę tygodni wcześniej przebiegł maraton najszybciej na świecie. Jeszcze przed połową trasy spytał go: "Czy biegniemy w dobrym tempie?" Ambitny rywal odrzekł: "Nie, za wolno". Po kilku chwilach Zatopek spytał ponownie: "Powiedziałeś - za wolno?" "Tak" - usłyszał. Wobec takiej opinii specjalisty chwilę później zostawił Petersa z tyłu.
Kroku dotrzymywał mu tylko Szwed Jansson, który zaskoczył go tym, że odświeżał się, ssąc cytrynę. "Jeśli dalej będzie tak dobrze biegł, to w następnym punkcie żywieniowym wezmę dwie cytryny" - pomyślał Zatopek. Szwed nie wytrzymał. Czech wkrótce biegł sam. Miał taką przewagę, że rozmawiał z policjantami, widzami i rowerzystami na trasie. Na stadionie odbył rundę honorową na ramionach członków sztafety 4x400 m z Jamajki. Chociaż wygrał tak wspaniale, później wspominał: "Nie byłem w stanie chodzić przez następny tydzień. Ale było to najwspanialsze wyczerpanie, jakie znałem".
W Melbourne (1956) był w maratonie szósty. Wystartował w Australii sześć tygodni po operacji przepukliny. Lekarze zabronili mu biegania przez dwa miesiące, on zaczął przebieżki dzień po wyjściu ze szpitala.
Od 1944 roku był wojskowym. Szybko awansował w rytmie kolejnych zwycięstw. Po igrzyskach w Londynie (1948) otrzymał stopień porucznika, rok później był kapitanem, po Helsinkach majorem, aż w końcu został pułkownikiem (koledzy mówili - oficer honoris causa). Był również członkiem Komunistycznej Partii Czechosłowacji, ale w 1968 roku podpisał "Manifest 2000 słów" i opowiedział się jednoznacznie za reformami Aleksandra Dubczeka.
Po wejściu wojsk Układu Warszawskiego do Czechosłowacji został zdegradowany, wyrzucono go z armii i partii. Władza nie darowała niczego i dla zasady pozbawiła go nawet tytułu Zasłużony Mistrz Sportu. Mógł pracować tylko jako robotnik z dala od Pragi. Pracował w kopalni, nosił worki cementu, następnie był magazynierem spółdzielni produkcyjnej, w przebraniu dojeżdżał do żony, która została w Pradze. W 1975 roku premier Lubomir Strougal ogłosił rehabilitację sportowca, pozwolił mu na powrót do stolicy i cichą pracę do emerytury. Zatopek dobrze znał języki, więc tłumaczył artykuły szkoleniowe, które mogły pomóc czeskim trenerom.
Nigdy nie dorobił się wielkich pieniędzy. Mieszkał spokojnie z Daną w domu z ogródkiem w Pradze i nie był obecny w życiu politycznym nowych Czech, choć trochę jeździł po świecie po aksamitnej rewolucji z misją promowania swego kraju. Nie oszczędzono mu jednak oskarżeń o kolaborację z komunistyczną służbą bezpieczeństwa. Jednak szacunek świata dla Zatopka nie zmalał. Zapraszano go jako gościa honorowego na kolejne igrzyska olimpijskie. Do Sydney nie był już w stanie pojechać. Znalazł się w pierwszej dwudziestce sportowców XX wieku w plebiscycie agencji Reuters, rok 1952 ogłoszono jego rokiem. Wszyscy, którzy go poznali, także przeciwnicy z bieżni, ulegali jego urokowi. Zawsze za metą uśmiechnięty, zawsze rozmowny.
