Kwalifikacje do jutrzejszego wyścigu obfitowały w wiele wypadków. Tor nie miał przyczepności gdyż w ostatnim czasie nad Suzuką przechodziły silne ulewy. Kierowcy ślizgali się uderzając w bandy. Sędziowie kilkakrotnie musieli posiłkować się żółtymi flagami. Czterokrotnie zmagania zostały przerwane czerwoną flagą.
Zespół Komisarzy Sportowych podjął decyzję o przesunięciu Fernando Alonso (Renault), Jensona Buttona (Brawn GP), Rubensa Barrichello (Brawn GP), Adriana Sutila (Force India) o pięć miejsc startowych za zlekceważenie żółtej flagi, jaka pojawiła się na torze.
To nie koniec sędziowskich przesunięć. Fin Heikki Kovalainen, podobnie jak Vitantonio Liuzzi, spadł o pięć miejsc za wymianę skrzyni biegów. Sebastien Buemi (Toro Rosso) został ukarany za jazdę uszkodzonym bolidem do strefy serwisowej.
[srodtytul]Kubica: Flagi zniekształciły kwalifikacje[/srodtytul]
Polak z BMW Sauber zwolnił w tym czasie zgodnie z przepisami. Przeszkodziło mu to w uzyskaniu lepszego wyniku podczas drugiej części sesji kwalifikacyjnej. Kubica uzyskał doskonałe czasy w dwóch pierwszych sektorach. W trzecim musiał zwolnić by ominąć części z rozbitego bolidu Buemiego. Polak uzyskał 13. czas, wystartuje jednak z 7. pozycji.