Dla fanów Malagi, którą chilijski trener w tym roku doprowadził do ćwierćfinału Ligi Mistrzów, jest on kimś więcej niż bohaterem. Przy wejściu do bazy treningowej klubu można zobaczyć napis „Pellegrini = Bóg". Trudno się dziwić temu uwielbieniu. Chilijczyk wciągu trzech lat wprowadził podupadający zespół do fazy pucharowej najważniejszych europejskich rozgrywek.
W 2004 producent płytek łazienkowych Fernando Roig postanowił, iż stworzy wielką drużynę w niedużym mieście. Misję te powierzył szerzej nieznanemu trenerowi z Chile. W ten sposób świat usłyszał o Villareal CF i Manuelu Pellegrinim.
- On całkowicie zmienił naszą mentalność. Dzięki niemu coroczna walka o utrzymanie stała się przeszłością – opowiadał o szkoleniowcu Josico, były piłkarz Villareal. Pomocnik grał w zespole, który awansował do Ligi Mistrzów w pierwszym sezonie pracy Pellegriniego. Hiszpańska drużyna była debiutantem w tych rozgrywkach. Jednak w kwalifikacjach pokonała Everton, a w fazie grupowej dwukrotnie zremisowała z Manchesterem United. Villareal dotarł aż do półfinału, w którym musiał uznać wyższość Arsenalu Londyn. Chilijczyk rozstał się z klubem z prowincji Castellon w 2009. W Vilareal został zapamiętany jako osoba, która miała świadomość, że na sukces piłkarski pracują nie tylko zawodnicy. Drużyna liczyła 24 graczy, Pellegrini nalegał, aby pieniądze dzielić na 25 części i tę ostatnią rozdawać pracownikom klubu.
W 2009 chilijskiego trenera zatrudnił Real Madryt. Był to owoc sukcesów odniesionych z Villareal. Pellegrini swoją pracę zaczął od wielkich zakupów. Na transfery wydał około 200 milionów funtów. Sprowadził do stolicy Hiszpanii Karima Benzemę z Olympique Lyon za 30 milionów funtów, za tyle samo Xabiego Alonso z Liverpoolu, a przede wszystkim Cristiano Ronaldo z Manchesteru United, na którego wydał 80 milionów funtów. Pellegrini mówił, że jeśli chce stworzyć najlepszy zespół na świecie, potrzebuje najlepszych piłkarzy. Jednak ogromne wydatki na niewiele się zdały. Chilijczyk nie umiał znaleźć wspólnego języka z piłkarzami. Porażka w Copa del Rey z drugoligowym Alcorcon (1:4) sprawiła, że trener stracił poparcie prezydenta Realu, Florentino Pereza. Sytuację szkoleniowca pogorszyła przegrana z Lyonem w Lidze Mistrzów. Real z tymi rozgrywkami pożegnał się w 1/8 finału. Pellegriniemu zarzucano, że jego metody może sprawdziły się w małym klubie, ale zawodzą w pracy z wielkimi piłkarzami. W maju 2010 Real poinformował o zatrudnieniu Jose Mourinho, a Chilijczyk opuszczał stolicę jako przegrany, ale nie czakał długo na nowe oferty. Zaproponowano mu objęcie posady selekcjonera reprezentacji Meksyku. Ostatecznie wybrał Malagę, której właścicielem był katarski szejk, Abullah Al-Thani. Pellegrini powtórzył historię, którą napisał pracując w Villareal. Objął drużynę walczącą o utrzymanie. Po trzech latach doprowadził ją do ćwierćfinału Ligi Mistrzów. Sukces udało się osiągnąć mimo niesprzyjających warunków – Al-Thani od pewnego czasu nie przelewał pieniędzy na konta piłkarzy. Między innymi przez kłopoty finansowe Pellegrini nie zdecydował się na przedłużenie umowy z klubem z Andaluzji. Teraz będzie prawdopodobnie pracował u innych szejków. Jego zatrudnieniem poważnie zainteresowany jest Manchester City.
W każdym z zespołów Chilijczyk słynął z tego, że zawsze stawał po stronie piłkarzy. Nigdy nie krytykował swoich podopiecznych w mediach. Odwrotnie niż Roberto Mancini, który często publicznie narzekał na zawodników. Dla piłkarzy City może to być miła odmiana. Pablo Zabaleta powiedział brytyjskim gazetom, że Pellegrini byłby idealnym trenerem dla The Citizens. Szkoleniowiec nie poddawał się także, jeśli trzeba było walczyć o pieniądze dla zawodników. Gdy szejk Al-Thani przestał wypłacać pensje graczom Malagi, Pellegrini poszedł do przedstawiciela katarskiego miliardera i kazał mu pojechać do swojego szefa po należne wynagrodzenie.