W maju 2006 roku wydawało się, że szokujące odkrycia po nalocie hiszpańskiej policji na madryckie laboratorium i domy Fuentesa oraz pozostałej czwórki założycieli dopingowej siatki z hukiem przerwą kariery nawet setek sportowców, zwłaszcza kolarzy, lekkoatletów i piłkarzy, nie tylko z Hiszpanii. Doping krwi, nielegalne transfuzje, planowe nielegalne wzmacnianie całych klubów i ekip wydawało się niemal oczywiste i proste do udowodnienia.
Po niespełna siedmiu latach takiej pewności już nie ma, choć kilku znanych kolarzy (Tyler Hamilton, Ivan Basso, Michele Scarponi, Jörg Jaksche) w końcu przyznało się do korzystania z usług dr Fuentesa i w kilku przypadkach dało się bezspornie udowodnić doping sportowca (m. in. Jana Ullricha).
Prokuratorzy hiszpańscy znaleźli tysiące dawek sterydów, setki paczek z zamrożoną krwią, urządzenia do oddzielania składników krwi oraz do transfuzji, nawet dość długie listy kolarzy, którzy mieli korzystać z nielegalnych metod wzbogacania krwi, ale większość spraw rozpatrywanych przez hiszpańską federację kolarską i sądy została umorzona z braku znamion przestępstwa lub braku wystarczających dowodów.
Ofiarami „Operacji Puerto" zostali dyrektorzy kilku grup kolarskich, paru sponsorów wycofało wsparcie, względnie niewielu kolarzy straciło pracę, a ci, którzy skończyli kariery, nie mieli przymusu oddawania nagród, ani nie ponieśli innych kar. Jak na skalę zaangażowania policji i służb antydopingowych, efekt jest słaby. Także dr Fuentes, choć poważnie obciążony, nie musi się bać bardzo srogiego wyroku, gdyż jedynym oficjalnym zarzutem jest stworzenie zagrożenia dla zdrowia publicznego (górna granica: dwa i pół roku więzienia bez zawieszenia), a nie łamanie prawa antydopingowego – w 2006 roku, w chwili przeprowadzania „Operación Puerto" takie prawo w Hiszpanii nie obowiązywało.
Prokurator Rosa Calero żąda dla Fuentesa dwóch lat pozbawienia wolności, ale niewielu wierzy, że doktor, wciąż pracujący w zawodzie (obecnie w klinice w Las Palmas), w ogóle pójdzie za kratki.