Do końca sezonu zastąpi go Jupp Heynckes, który opiekował się już piłkarzami tej drużyny w latach 1987-1991.
Asystentem Heynckesa został szkoleniowiec występującego w trzeciej lidze zespołu Bayernu - Hermann Gerland. Klinsmann był trenerem Bayernu tylko przez dziesięć miesięcy.
Jego zwolnienie to reakcja klubu na ostatnie niepowodzenia w rozgrywkach Bundesligi i Lidze Mistrzów. W sobotę Bayern przegrał u siebie 0:1 z Schalke 04, ale czara goryczy przelała się już wcześniej. Bawarski klub w dramatycznym stylu odpadł z Ligi Mistrzów (w pierwszym ćwierćfinałowym meczu z Barceloną przegrał 0:4). W sobotę kibice po raz kolejny w tym sezonie krzyczeli "Klinsmann raus!".
Ostatnio sporą dyskusję wywołał w Niemczech dziennik „Tageszeitung”, który na na pierwszej stronie wielkanocnego wydania przedstawił trenera rozpiętego na krzyżu w podobnej stylistyce jak ze znanego obrazu Antonella da Messiny „Ukrzyżowanie”. Dziennik dał w ten sposób do zrozumienia, że taki los czeka Klinsmanna po kilku przegranych meczach jego drużyny.
Po 29 kolejkach Bundesligi w tabeli prowadzi z 57 punktami VfL Wolfsburg przed Herthą BSC - 55 oraz Bayernem Monachium, VfB Stuttgart i Hamburgerem SV po 54 pkt.